יחידת הציטומטריה בהזרמה כוללת אנלייזר מסוג FACS CantoII, ממיין תאים (cell sorter) מסוג Sony MA900 ותחנת עבודה המצוידת בתוכנת הניתוח הציטומטרי FlowJo. כל המשתמשים מקבלים הכשרה וליווי מקצועי.
אנלייזר FACS CantoII:
מערכת ה-BD FACS CantoII היא מערכת ציטומטריה בהזרמה שולחנית ואוטומטית המצוידת בשלושה לייזרים: כחול (488 ננומטר, מקורר אוויר, במצב מוצק 20mW), אדום (633 ננומטר, HeNe 17mW), וסגול (405 ננומטר, במצב מוצק 30mW). המערכת מאפשרת ניתוח סימולטני של עד 8 פרמטרים פלואורסצנטיים ו-2 פיזורי אור (scatters).
האנלייזר מצויד במטען דגימות אוטומטי (BD FACS Loader) המאפשר הזנת דגימות ללא מגע יד אדם להגברת התפוקה והיעילות. הקרוסלה של ה-BD FACS Loader מכילה עד 40 מבחנות בגודל 12×75 מ"מ וטוענת אותן באופן אוטומטי למערכת ה-BD FACSCanto II ללא צורך בהתערבות המפעיל.